宋本纪上
宋高祖武皇帝名叫裕，字德舆，小字寄奴，彭城县绥舆里人，姓刘氏，是汉代楚元王刘交的第二十一代孙子。彭城是楚国的都城，所以后代子孙便以这里为家了。晋朝东迁，刘氏移居到晋陵丹徒的京口里。他的先祖刘靖，是晋朝的东安太守。他的父亲刘翘，字显宗，是郡上的功曹。武帝是晋哀帝兴宁元年(363)三月十七日的夜里降生，当时神光照得房子里一片光明，这天夜里有甘露降落在墓地的树上。他长大后，为人雄杰，气度宏大，身高七尺六寸，风神奇伟，不拘生活小节，侍奉继母以孝顺闻名。
宋高祖武皇帝讳裕，字德舆，小字寄奴，彭城县绥舆里人， 姓刘氏，汉楚元王交之二十一世孙也。彭城楚都，故苗裔家焉。 晋氏东迁，刘氏移居晋陵丹徒之京口里。皇祖靖，晋东安太守。 皇考翘，字显宗，郡功曹。帝以晋哀帝兴宁元年岁在癸亥三月 壬寅夜生，神光照室尽明，是夕甘露降于墓树。及长，雄杰有 大度，身长七尺六寸，风骨奇伟，不事廉隅小节，奉继母以孝 闻。
他曾游览京口的竹林寺，独自躺在讲堂的前面，上面有一条五色龙显现出来，众僧人见了，惊慌地告诉了武帝，武帝独自高兴地说：“请上人不要乱讲。”他父亲的墓在丹徒的候山，那里就是秦史上所说的曲阿、丹徒之间有天子气的地方。当时有个叫孔恭的人，很善于占墓，武帝曾经和他一块经过墓地，欺骗他说：“这片坟墓怎么样？”孔恭说：“不是一般的地方哟！”武帝从此更加自负。行动时常常见到有两条小龙附在两翼，到山上砍柴或到水边打鱼，同伴们有的也曾经看见。地位尊贵以后，龙形更大。
尝游京口竹林寺，独卧讲堂前，上有五色龙章，衆僧见之， 惊以白帝，帝独喜曰：“上人无妄言。”皇考墓在丹徒之候山， 其地秦史所谓曲阿、丹徒间有天子气者也。时有孔恭者，妙善 占墓，帝尝与经墓，欺之曰：“此墓何如？”孔恭曰：“非常 地也。”帝由是益自负。行止时见二小龙附翼，樵渔山泽，同 侣或亦睹焉。及贵，龙形更大。
武帝一向贫穷，当时的人都不能识别他的才干，只有琅笽人王谧独自对他深深敬重。武帝曾经欠刁逵的社钱三万，好长时间无法偿还，被刁逵抓起来，王谧暗中用自己的钱代他还上，由此得到释放。后来在新洲割荻草，看到了一条大蛇有几丈长，就用箭射它，蛇受了伤。第二天又到了新洲，听到里面有杵臼的声音，进去一看，见有好几个童子都穿着青色的衣服，在草丛中捣药。问他们是怎么回事，回答说：“我们的大王被刘寄奴射伤了，配些药给他敷上。”武帝说：“神王怎么不把刘寄奴杀死？”回答说：“刘寄奴是个王，不会死的，所以不能杀他。”武帝呵叱他们，都跑散了，便收起药来回去了。又曾经住宿在下邳的旅舍，碰到一个小和尚对武帝说：“江东将要大乱，能使这里安定下来的，恐怕就是您了吧！”武帝的手曾经被割伤，多年不愈，和尚有一种黄散，便留给了武帝，随后忽然不见了，武帝用黄散敷在手上，那伤口只敷一次就好了。保留剩余的黄散以及所得的童子的药，每当遇到刀伤，敷上都很灵验。
帝素贫，时人莫能知，唯琅邪王谧独深敬焉。帝尝负刁逵 社钱三万，经时无以还，被逵执，谧密以己钱代偿，由是得释。 后伐荻新洲，见大蛇长数丈，射之，伤。明日复至洲，里闻有 杵臼声，往觇之，见童子数人皆青衣，于榛中捣药。问其故， 答曰：“我王爲刘寄奴所射，合散傅之。”帝曰：“王神何不 杀之？”答曰：“刘寄奴王者不死，不可杀。”帝叱之，皆散， 仍收药而反。又经客下邳逆旅，会一沙门谓帝曰：“江表当乱， 安之者，其在君乎。”帝先患手创，积年不愈，沙门有一黄药， 因留与帝，既而忽亡，帝以黄散傅之，其创一傅而愈。宝其馀 及所得童子药，每遇金创，傅之并验。
起初他担任冠军孙无终的司马。晋朝隆安三年(399)十一月，妖贼孙恩在会稽作乱，朝廷派卫将军谢琰、前将军刘牢之去东方讨伐。刘牢之请武帝参谋府中军事，命令他与几十个人一道监视贼军，遇到了贼兵几千人，武帝便和他们打起来，所率领的人大多战死，而武帝挥舞着长刀，杀伤了很多贼兵。刘牢之的儿子刘敬宣怀疑武帝被贼兵围困，就带了一些轻骑去寻找他；不久，众多骑兵一齐来到，于是平定了山阴，孙恩逃到了海上。
初爲冠军孙无终司马。晋隆安三年十一月，祅贼孙恩作乱 于会稽，朝廷遣卫将军谢琰、前将军刘牢之东讨。牢之请帝参 府军事，命与数十人觇贼，遇贼衆数千，帝便与战，所将人多 死，而帝奋长刀，所杀伤甚衆。牢之子敬宣疑帝爲贼所困，乃 轻骑寻之；既而衆骑并至，遂平山阴，恩遁入海。
隆安四年(340)五月，孙恩又进入了会稽，杀了谢琰。十一月，刘牢之再次东征，让武帝守卫句章，句章城小人少，武帝每次战斗都攻陷敌方阵地，贼军便退回浃口。当时东伐的各个将官，手下士卒都大肆掠抢，老百姓都深受苦害，只有武帝的军队无所侵犯。
四年五月，恩复入会稽，杀谢琰。十一月，牢之复东征， 使帝戍句章，句章城小人少，帝每战陷阵，贼乃退还浃口。时 东伐诸将，士卒暴掠，百姓皆苦之，惟帝独无所犯。
隆安五年(341)春天，孙恩频繁进攻句章，武帝屡次击败他，孙恩重新逃到海上。三月，孙恩向北开往海盐，武帝在旧海盐筑起城墙，贼军每日都来攻城，城内的兵少，武帝便选了一支敢死队把贼军赶走。当时虽然接连胜利，武帝却深深地忧虑着众寡不敌，就在一个夜里把军旗收了起来，以显示自己方面的疲弱，看到敌方懈怠的时候，便奋力出击，大破贼兵。孙恩知道城无法攻下，便向沪渎进兵，武帝弃城追赶。海盐县令鲍陋派遣儿子鲍嗣之率领吴地兵士一千作为前驱，武帝因为吴地人不熟习打仗，命令他们排在后面，他们不答应。这一夜武帝设了很多奇兵，同时添置旗鼓，第二天战斗，伏兵杀了出来，贼兵撤退，鲍嗣之追赶逃敌，结果被消灭。武帝且退且战，部下死伤将尽，便回到原来的地方停了下来，让身边的人们去解取死人的衣服以显示出闲暇的样子。贼兵怀疑还有埋伏，便退走了。六月，孙恩渡海到了丹徒，武帝加倍赶路与他一齐到达，迅速出击，大破贼军。孙恩到了建邺，知道朝廷已经有了防备，于是逃往郁洲。八月，晋朝皇帝任命武帝为下邳太守。武帝又追击孙恩到郁洲和海盐，接连击败他们。孙恩从此以后出现饥荒，逃奔临海。
五年春，恩频攻句章，帝屡破之，恩复入海。三月，恩北 出海盐，帝筑城于故海盐，贼日来攻城，城内兵少，帝乃选敢 死士击走之。时虽连胜，帝深虑衆寡不敌，乃一夜偃旗示以羸 弱，观其懈，乃奋击，大破之。恩知城不可下，进向沪渎，帝 弃城追之。海盐令鲍陋遣子嗣之以吴兵一千爲前驱，帝以吴人 不习战，命之在后，不从。是夜帝多设奇兵，兼置旗鼓，明日 战，伏发，贼退，嗣之追奔陷没。帝且退且战，麾下死伤将尽， 乃至向处止，令左右解取死人衣以示暇。贼疑尚有伏，乃引去。 六月，恩浮海至丹徒，帝兼行与俱至，奔击大破之。恩至建邺， 知朝廷有备，遂走郁洲。八月，晋帝以帝爲下邳太守。帝又追 恩至郁洲及海盐，频破之。恩自是饥馑，奔临海。
元兴元年(402)，荆州刺史桓玄率兵东下，骠骑将军司马元显派刘牢之抵抗，武帝又参加了他的军事行动。桓玄到达以后，武帝请求攻击，刘牢之不许，却派自己的儿子刘敬宣去找桓玄请求和解。武帝和东海人何无忌一齐竭力劝谏，刘牢之拒不听从。桓玄攻克了建邺，朝廷任命刘牢之为会稽内史。刘牢之恐惧，招武帝在广陵起兵，武帝说：“人情不在了，广陵又哪里能得到呢？”刘牢之结果在新洲自缢而死。何无忌对武帝说：“我将到哪里去呢？”武帝说：“可以随我回京口。桓玄必定会保持对待臣子的节操，我可以和您一起侍奉他；不行的话，就和您一起对付他。”
元兴元年，荆州刺史桓玄举兵东下，骠骑将军司马元显遣 牢之拒之，帝又参其军事。玄至，帝请击之，牢之不许，乃遣 子敬宣诣玄请和。帝与东海何无忌并固谏，不从。玄克建邺， 以牢之爲会稽内史。牢之惧，招帝于广陵举兵，帝曰：“人情 去矣，广陵亦岂可得之？”牢之竟缢于新洲。何无忌谓帝曰： “我将何之？”帝曰：“可随我还京口。玄必守臣节，当与卿 事之；不然，与卿图之。”
桓玄的堂兄桓修以抚军将军的头衔镇守丹徒，任命武帝为中兵参军。孙恩自从兵败以后，害怕被抓获，便在临海投水而死，其余的兵众推举孙恩的妹夫卢循为主帅。桓玄再次派武帝东征。
玄从兄修以抚军将军镇丹徒，以帝爲中兵参军。孙恩自败 后，惧见获，乃投水死于临海，馀衆推恩妹夫卢循爲主。玄复 遣帝东征。
元兴二年(403)，卢循逃奔永嘉，武帝追赶并击破了他。六月，任命武帝为彭城内史。
二年，循奔永嘉，帝追破之。六月，加帝彭城内史。
十二月，桓玄篡夺了帝位，把晋朝的皇帝迁移到了寻阳。桓修调入朝廷，武帝跟随到了建邺，桓玄见了武帝，对司徒王谧说：“昨天见到了刘裕，风度不凡，确是世人中的豪杰呀。”每次游乐宴集，赠送赏赐十分丰厚。桓玄的妻子刘氏，是尚书令刘耽的女儿，聪明智慧，很有见识，曾经见到武帝，便对桓玄说：“刘裕龙行虎步，目光不凡，恐怕必定不会做别人的下属，要对他早作安排。”桓玄说：“我正在荡平中原，非刘裕不可，等关、陇地区平定，然后再作讨论。”
十二月，桓玄篡位，迁晋帝于寻阳。桓修入朝，帝从至建 邺，玄见帝，谓司徒王谧曰：“昨见刘裕，风骨不恒，盖人杰 也。”每游集，赠赐甚厚。玄妻刘氏，尚书令耽之女也，聪明 有智鉴，尝见帝，因谓玄曰：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐 必不爲人下，宜早爲其所。”玄曰：“我方平荡中原，非裕莫 可，待关、陇平定，然后议之。”
桓修不久回到京口，武帝借口说枪伤恶化，不能随同，便与何无忌一同乘船返回，商讨复兴的方案，与弟弟刘道轨、沛国的刘毅、平昌的孟昶、任城的魏咏之、高平的檀凭之、琅笽的诸葛长人、太原的王元德、陇西的辛扈兴、东莞的童厚之，共同谋划大计。当时桓修的弟弟桓弘担任青州刺史，镇守广陵，刘道轨担任桓弘的中兵参军，孟昶担任青州主簿，于是武帝就让刘毅到孟昶那里谋划共同袭击桓弘。诸葛长人担任豫州刺史刁逵的左军府参军，预谋占据历阳来相策应，王元德、童厚之预谋在建邺进攻桓玄，时间一到一齐行动。
修寻还京口，帝托以金创疾动，不堪步从，乃与无忌同船 共还，建兴复计，及弟道规、沛国刘毅、平昌孟昶、任城魏咏 之、高平檀凭之、琅邪诸葛长人、太原王元德、陇西辛扈兴、 东莞童厚之，并同义谋。时桓修弟弘爲青州刺史，镇广陵，道 规爲弘中兵参军，昶爲州主簿，乃令毅就昶谋共袭弘。长人爲 豫州刺史刁逵左军府参军，谋据历阳相应，元德、厚之谋于建 邺攻玄，克期齐发。
元兴三年(404)二月二十七日，武帝假托游猎，和何无忌，魏咏之，檀凭之，刘毅的堂弟刘藩，檀凭之的侄子檀韶、檀祗、檀隆、檀道济，孟昶的族弟孟怀玉等人，聚集了义徒共二十七人，愿意随从的一百多人。二十八日，等城门打开，何无忌等义徒身穿传达诏书人的服装，口称诏书走在前面，义徒们骑马驰入城内齐声大叫，官吏士兵都被惊散，随即将桓修斩首示众。武帝哭得十分伤心，进行了丰厚的埋葬和抚恤。孟昶劝桓弘在这一天外出打猎，天还没有明，打开城门放出了打猎的人，孟昶、刘道轨、刘毅等率壮士五六十人，因城门打开而直接进入。桓弘正在喝粥，就被斩首，于是收集他的兵众渡江。
三年二月乙卯，帝托游猎，与无忌、咏之、凭之，毅从弟 藩，凭之从子韶、祗、隆、道济，昶族弟怀玉等，集义徒凡二 十七人，愿从者百馀人。丙辰，候城门开，无忌等义徒服传诏 服，称诏居前，义衆驰入齐叫，吏士惊散，即斩修以徇。帝哭 之甚恸，厚加敛恤。昶劝弘其日出猎，未明，开门出猎人，昶、 道规、毅等率壮士五六十人，因开门直入。弘方噉粥，即斩之， 因收衆济江。
义军刚刚攻下京城，桓修的司马刁弘率领文武官员前来攻打，武帝登上城头对他们说：“郭江州已经在寻阳侍奉御车拨乱反正，我们全都奉了密诏诛除逆党，现在逆贼桓玄的头应当砍掉挂在大航的高杆上面。诸君难道不都是大晋的臣子吗？”桓弘等人相信了他们，便退了回去。刘毅到了以后，武帝命令他杀死刁弘等人。
义军初克京城，修司马刁弘率文武佐吏来赴，帝登城谓曰： “郭江州已奉乘舆反正于寻阳，我等并被密诏诛逆党，今日贼 玄之首已当枭于大航。诸君非大晋之臣乎？”弘等信之而退。 毅既至，帝命诛弘等。
刘毅的哥哥刘迈原先住在建邺，事情还没发生的前几天，武帝派遣同谋周安穆报告了他，让他来作内应。刘迈非常恐惧，周安穆害怕事情暴露，驰马返回。当时桓玄让刘迈担任竟陵太守，刘迈便乘船而下，打算到郡上任。这天夜里，桓玄给刘迈寄信说：“北府的人情况怎么样？您最近见刘裕说了些什么？”刘迈以为桓玄已经知道了他们的计谋，早晨起来就把情况告诉了他。桓玄很吃惊，封刘迈为重安侯，又因为他没有把周安穆抓住，所以把他杀了，又杀了王元德、辛扈兴、童厚之等。于是派遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷抵御北面的义军。
毅兄迈先在建邺，事未发数日，帝遣同谋周安穆报之，使 爲内应。迈甚惧，安穆虑事发，驰归。时玄以迈爲竟陵太守， 迈便下船，欲之郡。是夜玄与迈书曰：“北府人情云何？卿近 见刘裕何所道？”迈谓玄已知其谋，晨起白之。玄惊，封迈爲 重安侯，又以不执安穆故杀之，诛元德、扈兴、厚之等。乃遣 顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北拒义军。
在此以前，武帝曾到游击将军何澹之那里去，身边的人见武帝光耀满室，便把这种现象告诉了何澹之，何澹之又说给了桓玄，桓玄并不介意，到了现在，听说义兵起事了，非常恐惧。有人说：“刘裕他们非常虚弱，陛下何必过深地忧虑？”桓玄说：“刘裕足可以成为一世的雄杰，刘毅家里没有一石粮食的储蓄，而赌博时掷骰子一押百万，何无忌，是刘牢之的外甥，酷似他的舅父，共同举办大事，怎么就说不能成功？”当时众人推举武帝为盟主，以孟昶为长史，总管后方事务，檀凭之为司马，愿意随从的老百姓有一千多人。军队驻扎在竹里，向京城发出了檄文。
先是，帝造游击将军何澹之，左右见帝光曜满室，以告澹 之，澹之以白玄，玄不以爲意，至是，闻义兵起，甚惧。或曰： “裕等甚弱，陛下何虑之深？”玄曰：“刘裕足爲一世之雄， 刘毅家无儋石之储，摴蒱一掷百万，何无忌，刘牢之之外甥， 酷似其舅，共举大事，何谓无成。”时衆推帝爲盟主，以孟昶 爲长史，总后事，檀凭之爲司马，百姓愿从者千馀人。军次竹 里，移檄都下曰：
三月初一，在江乘遇到了吴甫之，武帝亲自拿着大刀，大声呼叫，随即把吴甫之杀死。进军到罗落桥，遇到了皇甫敷，檀凭之战败被杀，众人纷纷后退，武帝前进战斗更加猛烈，而且又杀了皇甫敷的头。起初，武帝谋划大计，有善于相面的人给武帝和何无忌等人相面，说他们近期一定会大贵，只是说檀凭之没有贵相。到现在檀凭之战死，武帝知道这件事必定胜利。
夫成败相因，理不常泰，狡焉肆虐，或遇圣明。自我大晋， 屡遘阳九，隆安以来，皇家多故，贞良弊于豺狼，忠臣碎于虎 口。逆臣桓玄敢肆陵慢，阻兵荆郢，肆暴都邑，天未忘难，凶 力实繁，踰年之间，遂倾皇祚。主上播越，流幸非所，神器沈 辱，七庙毁坠，虽夏后之离浞、豷，有汉之遭莽、卓，方之于 兹，未足爲喻。自玄篡逆，于今历载，弥年亢旱，人不聊生， 士庶疲于转输，文武困于板筑，室家分析，父子乖离，岂惟大 东有杼轴之悲，摽梅有顷筐之怨而已哉！仰观天文，俯察人事， 此而可存，孰有可亡！凡在有心，谁不扼腕。裕等所以叩心泣 血，不遑啓处者也。
桓玄听说皇甫敷等人已死，就派桓谦屯驻东陵口，卞范之屯驻覆舟山西面。三月初二，义军进驻覆舟山东部，布置了疑兵，用涂油的披肩盖在树上，布满山谷。武帝首先驰向敌军，将士们全都进行殊死的战斗，无不一以当百，呼声震天动地。又借着风力放火，浓烟与火焰冲天，桓谦大败。桓玄开始虽然派出了军队，但是逃走的心意已经决定，另外派遣了领军殷仲文在石头城准备好船只，听说桓谦失败，便乘着轻快的小船向南逃跑了。
是故夕寐宵兴，搜奖忠烈，潜构崎岖，过于履虎，乘机奋 发，义不图全。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟 昶、兖州主簿魏咏之、甯远将军刘道规、龙骧参军刘藩、振威 将军檀凭之等，忠烈断金，精贯白日，荷戈俟奋，志在毕命。 益州刺史毛璩，万里齐契，扫定荆楚。江州刺史郭昶之奉迎主 上，宫于寻阳。镇北参军王元德等并率部曲，保据石头。扬武 将军诸葛长人收集义士，已据历阳。征虏参军庾赜之等潜相连 结，以爲内应。同力协契，所在蜂起，即日斩僞徐州刺史安成 王修、青州刺史弘。义衆既集，文武争先，咸谓不有一统，则 事无以辑。裕辞不获命，遂总军要，庶上凭祖宗之灵，下罄义 夫之节，翦馘逋逆，荡清京华。公侯诸君，或世树忠贞，或身 荷爵宠，而并俛眉猾竖，无由自效，顾瞻周道，宁不吊乎！今 日之举，良其会也。裕以虚薄，才非古人，受任于既颓之运， 接势于已替之机，丹诚未宣，感慨愤激。望霄汉以永怀，眄山 川以增伫，投檄之日，神驰贼庭。
三月初三，武帝镇守石头城，任命了留守台阁的各级官员，在宣阳门外烧毁了供奉桓温的牌位，在太庙中建造了晋朝的新神主。派遣各路将官追击桓玄，命令尚书王嘏率领百官迎接皇帝的车驾。司徒王谧与众人商议推举武帝兼职掌管扬州，武帝坚决推辞，便以王谧担任录尚书事、兼任扬州刺史，武帝担任镇军将军、都督八州诸军事、徐州刺史、领军将军。
三月戊午，遇吴甫之于江乘，帝躬执长刀，大呼，即斩甫 之。进至罗落桥，遇皇甫敷，檀凭之战败，死之，衆退，帝进 战弥厉，又斩敷首。初，帝建大谋，有工相者相帝与无忌等近 当大贵，惟云凭之无相。至是，凭之战死，帝知其事必捷。
起初，晋陵人韦叟擅长相面术，桓修让他相一相武帝是不是能当上州官，韦叟说：“应当做边远州的刺史。”回头又私下对武帝说：“您的面相贵不可言。”武帝笑着说：“如果说中了，一定任用您为司马。”到了现在，韦叟去见武帝说：“周成王不忘桐叶之信，您也应该不忘司马之言。现在我不敢希望做镇军司马，只想能够兼任一个军佐。”于是就任用了他。
玄闻敷等没，使桓谦屯东陵口，卞范之屯覆舟山西。己未， 义军进至覆舟东，张疑兵，以油帔冠诸树，布满山谷。帝先驰 之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。因风纵火，烟 焰张天，谦等大败。玄始虽遣军，而走意已决，别遣领军殷仲 文具舟石头，闻谦败，轻船南逸。
当时诸葛长人没有如期赶到，被刁逵抓住押送过去，还没到达，桓玄就失败了。桓玄经过寻阳，江州刺史郭昶之为他准备了车子和仪仗器物。起初，荆州刺史王绥因为是江东的显贵世族，又是桓氏的外甥，平时对武帝十分欺侮，到了现在，与他的父亲尚书左仆射王愉都抱有怀疑心理，一齐被杀死。
庚申，帝镇石头城，立留台百官，焚桓温主于宣阳门外， 造晋新主于太庙。遣诸将追玄，命尚书王嘏率百官奉迎乘舆。 司徒王谧与衆议推帝领扬州，帝固辞，乃以谧爲录尚书事、领 扬州刺史，帝爲镇军将军、都督八州诸军事、徐州刺史、领军 将军。 初，晋陵人韦叟善相术，桓修令相帝当得州不，叟曰 ： “当得边州刺史。”退而私于帝曰：“君相贵不可言。”帝笑 曰：”若中，当相用爲司马。”至是，叟诣帝曰：“成王不负 桐叶之信，公亦应不忘司马之言。今不敢希镇军司马，愿得领 军 佐。”于是用焉。
四月初一，尊奉武陵王司马遵为大将军，按照圣旨，实行大赦，只有桓玄祖父的后辈不予赦免。桓玄篡位，是由王谧辅佐的，是他亲手解下晋安帝的玉玺。等到义旗树立，众人都说王谧应该杀掉，只有武帝平时对王谧很感激，因而保护他。刘毅曾经趁朝会的机会，问王谧玉玺在什么地方，王谧更加恐惧。等到王愉父子被杀，王谧的堂弟对王谧说：“王驹无罪而被杀死，这是铲除胜过自己的人，兄长既是桓氏一党的人，希求免祸能够做到吗？”驹，是王愉的小字。王谧恐惧，逃奔曲阿。武帝告诉大将军把他迎接回来，恢复了他的职位。
时诸葛长人失期，爲刁逵执送，未至而玄败。玄经寻阳， 江州刺史郭昶之爲具乘舆法物。初，荆州刺史王绥以江左冠族， 又桓氏之甥，素甚陵帝，至是，及其父尚书左仆射愉有自疑志， 并及诛。
桓玄挟持天子逃往江陵，又渡江东下，与刘毅、何无忌、刘道轨等在峥嵘洲相遇，众军把他打得大败。桓玄的党徒殷仲文拥戴两位皇后回到建邺。桓玄重又挟持天子到了江陵，并从那里逃往南郡，太守王腾之、荆州别驾王康产拥戴天子进入南郡府。
四月戊子，奉武陵王遵爲大将军，承制，大赦，惟桓玄一 祖后不免。桓玄之篡，王谧佐命，手解安帝玺绂。及义旗建， 衆谓谧宜诛，惟帝素德谧，保持之。刘毅尝因朝会，问谧玺绂 所在，谧益惧。及王愉父子诛，谧从弟谌谓谧曰：“王驹无罪 而诛，此是翦除胜己，兄既桓氏党附，求免得乎？”驹，愉小 字也。谧惧，奔曲阿。帝笺白大将军迎还，复其位。
起初，益州刺史毛璩派遣侄孙毛佑之和参军费恬为弟弟送丧离开州城，毛璩弟弟的儿子毛修之当时做桓玄的屯骑校尉，引诱桓玄进入蜀地，到了枚回洲，费恬和毛佑之迎面用箭射他，益州督护冯迁杀死了桓玄，把人头送往建邺。桓玄的侄子桓振逃到华容的涌中，招集逆党，袭击江陵城，王腾之、王康产都被杀死。桓谦先前曾藏在沮川，也聚集人马与桓振呼应。他们为桓玄举行哀悼，设立了丧庭。桓谦率领众官员奉献玉玺给晋安帝。刘毅、何无忌进军与桓振交战，在灵溪战败。
玄挟天子走江陵，又浮江东下，与刘毅、何无忌、刘道规 等遇于峥嵘洲，衆军大破之。玄党殷仲文奉晋二皇后还建邺。 玄复挟天子至江陵，因走南郡，太守王腾之、荆州别驾王康産 奉天子入南郡府。
十月，武帝兼任青州刺史，可以带领卫士一百人进入宫殿。
初，益州刺史毛璩遣从孙佑之与参军费恬送弟丧下州，璩 弟子修之时爲玄屯骑校尉，诱玄入蜀，至枚回洲，恬与佑之迎 射之，益州督护冯迁斩玄，传首建邺。玄从子振逃于华容之涌 中，招集逆党，袭江陵城，腾之、康産皆被杀。桓谦先匿沮川， 亦聚衆应振。爲玄举哀，立丧庭。谦率衆官奉玺绶于安帝。刘 毅、何无忌进及桓振战，败绩于灵溪。
义熙元年(405)正月，刘毅等到达江津，击败了桓谦、桓振，江陵平定。三月十三日，晋朝皇帝从江陵来到。十九日，诏令晋升武帝为侍中、车骑将军、都督中外军事、录尚书事。武帝坚持推辞，不久镇守丹徒。九月二十七日，任命武帝兼做兖州刺史。
十月，帝领青州刺史，甲仗百人入殿。
卢循渡海攻破广州，俘获了刺史吴隐之，于是便以卢循为广州刺史，以他的同党徐道覆为始兴相。
义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平。三 月甲午，晋帝至自江陵。庚子，诏进帝侍中、车骑将军、都督 中外诸军、录尚书事。帝固让，旋镇丹徒。九月乙巳，加帝领 兖州刺史。
义熙二年三月，晋升武帝督率交、广二州。十月，评论匡复晋朝的功勋，封武帝为豫章郡公，食邑一万户，赐绢一万疋。其余的人封赏各有差别。
卢循浮海破广州，获刺史吴隐之，即以循爲广州刺史，以 其党徐道覆爲始兴相。
三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧去世。
二年三月，进帝督交、广二州。十月，论匡复勋，封帝豫 章郡公，邑万户，赐绢三万疋。其馀封赏各有差。
四年正月，征调武帝入朝辅政，授职担任侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史依旧保留。武帝上表解去兖州职务。在这以前，武帝曾经派遣冠军刘敬宣讨伐蜀地的贼寇谯纵，结果没有成功回来了。九月，武帝因为刘敬宣败退，请求退位，没有批准。十月，降级为中军将军，开府职位仍然不变。
三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。
五年二月，伪燕国国主慕容超大肆掠夺淮北。三月，武帝上表请求去北方讨伐，让丹阳尹孟昶监管中军留府事务。于是渡过淮水进入泗水，五月，到达下邳，留下船只，军队步行前进到了琅笽，所经过的地方，都筑城留人守卫。
四年正月，征帝入辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、 扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史如故。表解兖州。先是， 帝遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而还。九月，帝以敬宣挫退， 逊位，不许。十月，乃降爲中军将军，开府如故。
慕容超的大将公孙五楼请求占领大岘山，坚壁清野等待对方，慕容超不肯听从。最初谋划这次战役，参加讨论的人认为贼军如果严守大岘山，军中没有所需物资，自己怎么能够返回？武帝说：“并不是这样。鲜卑人性格贪婪，谋划事情看不到远处，既庆幸自己的胜利，又十分爱惜那些谷物，必然会引诱我们，而且会轻率交战。部队一入岘山，我们还有什么担忧呢？”等到进入了岘山，武帝举手指着天说：“我们的事情成功了。”众人询问其中的缘故，武帝说：“军队已经越过险要地形，兵士都有必死的斗志，余粮储存在田野当中，军队没有缺乏给养的忧虑，胜利是可以断定的。”
五年二月，僞燕主慕容超大掠淮北。三月，帝抗表北讨， 以丹阳尹孟昶监中军留府事。乃浮淮入泗，五月，至下邳，留 船，步军进琅邪，所过筑城留守。
六月，慕容超留下老弱兵士守卫广固，派他手下的广宁王贺剌卢与公孙五楼全力占据临朐。离城四十里有个巨蔑水，慕容超告诫公孙五楼要抓紧占据它。等他赶到，已经受到龙骧将军孟龙符的保卫，公孙五楼只得退回。
超大将公孙五楼请断大岘，坚壁清野以待，超不从。初谋 是役，议者以爲贼若严守大岘，军无所资，何能自反？帝曰： “不然。鲜卑性贪，略不及远，既幸其胜，且爱其谷，必将引 我，且亦轻战。师一入岘，吾何患焉。”及入岘，帝举手指天 曰：“吾事济矣。”衆问其故，帝曰：“师既过险，士有必死 之志，馀粮栖亩，军无匮乏之忧，胜可必矣。”
大军把四千辆兵车分为两翼，两车并排慢慢行驶，车前张挂帷幔，御手拿着长矛，以骑兵为流动军队，军令十分严肃。等到达临朐，贼军的骑兵一齐来到，武帝命令兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜等攻陷敌军阵地。太阳偏西的时候，战斗仍然十分激烈，武帝利用参军胡藩的计策，袭击攻克临朐，贼军于是大肆逃奔。慕容超逃回广固，获得了他的玉玺、豹尾、轿车等，送到都城。十九日，攻克了广固的大城，慕容超加固了它的小城。武帝于是设下了很长的包围圈进行监守，吃住都在青州，停止了长江、淮河的物资转运。
六月，超留羸老守广固，使其广甯王贺刺卢及公孙五楼悉 力据临朐。去城四十里有巨蔑水，超告五楼急据之。比至，爲 龙骧将军孟龙符所保，五楼乃退。
七月，慕容超的尚书郎张纲去向姚兴请求救兵，从长安返回，泰山太守申宣把他捉住押送过来。张纲具有巧妙的构思，先前，武帝制造攻城的器具，城上的人说：“你们得不到张纲，怎么能制成呢！”等到张纲来到，城内的人无不大惊失色。慕容超既然求救没有成功，张纲反被俘虏，于是便请求称臣，割大岘山为界，献马一千匹，武帝不答应。
大军分车四千两爲二翼，方轨徐行，车张幰，御者执肖， 以骑爲游军，军令严肃。比及临朐，贼骑交至，帝命兖州刺史 刘藩、并州刺史刘道怜等陷其阵。日向昃，战犹酣，帝用参军 胡藩策，袭克临朐，贼乃大奔。超遁还广固，获其玉玺、豹尾、 辇等，送于都。丙子，克广固大城，超固其小城。乃设长围以 守之，馆谷于青土，停江、淮转输。
当时姚兴派遣使者，声言将要渡过淮水东下，武帝对他说：“你报告姚兴，我平定了青州，将要跨过函谷关，他这贼寇若能自己送上门来，现在正是时候。”录事参军刘穆之忽然进来说：“这话不足以威胁敌人，也许会激怒他们。如果鲜卑没有战胜，西羌又来侵扰，您将怎么对付？”武帝于是笑着说：“这是军事机密，不是您所能知道的。西羌如果能够来救，不会先有声明，这只是他们自己在故作强大。”
七月，超尚书郎张纲乞师于姚兴，自长安反，泰山太守申 宣执送之。纲有巧思，先是，帝修攻具，城上人曰：“汝不得 张纲，何能爲也。”及至，升诸楼车以示之，城内莫不失色。 超既求救不获，纲反见虏，乃求称藩，割大岘爲界，献马千匹， 不听。 时姚兴遣使，声言将涉淮左，帝谓曰：“尔报姚兴，我定 青州，将过函谷，虏能自送，今其时矣。”录事参军刘穆之遽 入曰：“此言不足威敌，容能怒彼。若鲜卑未拔，西羌又至， 公何以待之？”帝乃笑曰：“此兵机也，非子所及。羌若能救， 不有先声，是自强也。”
十月，张纲制成了攻城器具，设计了飞楼悬梯、木幔板屋，上面盖上牛皮，弓箭就无法奏效了。刘毅派遣上党太守赵恢率领一千余人前来援助，武帝夜间暗中派军队与他会合。天明后，赵恢的部队五千人，才上路前进，每当晋朝使者将到的时候，就如此重复一遍。
十月，张纲修攻具成，设飞楼县梯，木幔板屋，冠以牛皮， 弓矢无所用之。刘毅遣上党太守赵恢以千馀人来援，帝夜潜遣 军会之。明旦，恢衆五千，方道而进，每晋使将到，辄复如之。 六年二月丁亥，屠广固，超踰城走，追获之，斩于建康市。 杀其王公以下，纳生口万余，马二千匹。
六年二月初五，攻克了广固进行屠杀，慕容超越过城墙逃走，结果追上了他，在建康的街市上将他斩首。杀掉了他的王公以下官员，获得人口一万多、马二千匹。
初，帝之北也，徐道覆劝卢循乘虚而出，循不从，道覆乃 至番禺说循曰：“今日之机，万不可失。若克京都，刘公虽还， 无能爲也。”循从之。是月，寇南康、庐陵、豫章诸郡，郡守 皆奔走。时帝将镇下邳，进兵河、洛，及征使至，即日班师。 镇南将军何无忌与道覆战，败死于豫章，内外震骇，朝议欲奉 乘舆北走。帝次山阳，闻败，卷甲与数十人造江上征问，知贼 尚未至。
起初，武帝进军北方，徐道覆劝卢循乘虚而出，卢循不听，徐道覆于是去到番禺说服卢循说：“今天的机会，万万不可丢失。如果你攻占了京都，刘公虽然回来，也没有什么办法了。”卢循听从了他。这月，侵犯南康、卢陵、豫章等郡，郡守都逃走了。当时武帝将要镇守下邳，进军到了黄河、洛水，等征调的使者到后，当天就班师还朝了。镇南将军何无忌与徐道覆交战，失败战死在豫章，朝内外都很震惊，朝中的议论想拥戴皇上向北逃走。武帝驻军在山阳，听说失败，脱去盔甲与几十个人一起到江上去调查询问，知道贼军还没有到达。
四月癸未，帝至都。刘毅自表南征，帝以贼新捷锋锐，须 严军偕进，使刘藩止之，毅不从。五月壬午，卢循败毅于桑落 洲。及审帝凯入，相视失色，欲还寻阳，平江陵，据二州以抗 朝廷。道覆请乘胜遂下，争之旬日，乃从。
四月初二，武帝到了京都。刘毅自己上表请求南征，武帝认为贼军刚刚打了胜仗，气势正盛，必须军容严整，共同前进，便让刘藩制止他，刘毅不听从。五月的壬午日，卢循在桑落洲打败了刘毅。等他们得知了武帝胜利进入，个个互相对视，大惊失色，企图退回寻阳，平定江陵，据守二洲来对抗朝廷。徐道覆请求乘胜继续前进，争论了十天，才依从了他的意见。
于时北师始还，伤痍未复，战士才数千，贼衆十余万，舳 舻亘千里。孟昶、诸葛长人惧，欲拥天子过江，帝曰：“今兵 士虽少，犹足一战，若其克济，臣主同休；如其不然，不复能 草间求活，吾计决矣。”初，帝征慕容超，惟孟昶劝行，丙辰， 昶乃表天子，引罪，仰药而死。
这时北国的军队刚退回去，创伤没有恢复，战士只有几千人，而贼军却有十几万，战船绵延千里。孟昶、诸葛长人很恐惧，打算保护天子过江，武帝说：“现在兵士虽然少，还足可以一战，如果敌寇渡江成功，大臣、君主就会共同灭亡；如果不是这样，不可能再在草野间求得活命，我的主意已经定了。”起初，武帝征讨慕容超，只有孟昶鼓励行动，四月初五，孟昶便上表给天子，引罪自责，服药而死。
时议者欲分兵屯守诸津，帝曰：“贼衆我寡，分其兵则人 测虚实，一处失利，则沮三军之心，若聚衆石头，则衆力不分。” 戊午，帝移镇石城。乙丑，贼大至，帝曰：“贼若新亭直上， 且将避之；若回泊蔡洲，成禽耳。”徐道覆欲自新亭焚舟而战， 循多疑少决，每求万全，乃泊蔡洲以待军溃。帝登石头以望， 见之，悦。庚辰，贼设伏于南岸，疑兵向白石。帝率刘毅、诸 葛长人北拒焉，留参军徐赤特戍查浦，戒令勿战。帝既北，贼 焚查浦而至张侯桥，赤特与战，大败，贼进屯丹阳郡。帝驰还 石头，斩徐赤特。解甲久之，乃出阵于南塘。七月庚申，循自 蔡洲退，将还归寻阳，帝遣辅国将军王仲德等追之。使建威将 军孙处自海道袭番禺，戒之曰：“我十二月必破祅寇，卿亦足 至番禺，先倾其巢窟也。”
当时的议论者企图分兵屯守各个渡口，武帝说：“贼众我寡，分兵以后则会有人探测到虚实，一处失利，就会破坏三军的心态，如果在石头城聚集各军，则各军的力量不会分散。”四月初七，武帝转移驻地到石头城。十四日，贼军大规模开来，武帝说：“贼军如果由新亭直上，就暂且回避它；如果回头停泊在蔡洲，就会被捉住的。”徐道覆打算从新亭烧毁船只交战，卢循疑虑多决断少，常常追求万全之策，于是便停泊在蔡洲以等待军队溃败。武帝登上石头城远望，见到了这种情形，很高兴。二十九日，贼军在南岸设下伏兵，又向白石派出疑兵。武帝率领刘毅、诸葛长人向北出兵抵御，留下了参军徐赤特守卫查浦，告诫和命令他们不准交战。武帝北出以后，贼军焚烧了查浦而到达张侯桥，徐赤特与他们交战，大败，贼军前进屯驻在丹阳郡。武帝驰马回到石头城，斩了徐赤特。解去盔甲很长时间，才在南塘出阵。七月初十，卢循从蔡洲撤退，准备归回寻阳，武帝派遣辅国将军王仲德等追击。让建威将军孙处从海道上袭击番禺，告诫他说：“我在十二月必定击破妖寇，您也足可以到达番禺，要首先捣毁他的巢穴。”
十月，帝率舟师南伐，使刘毅监太尉留府。是月，徐道覆 寇江陵，荆州刺史刘道规大破之，道覆走还湓口。十一月，孙 处至番禺，克其城，卢循父嘏奔始兴，处抚其人以守。十二月 己卯，大军次大雷。庚辰，贼方江而下，帝躬提幡鼓，命衆军 齐力击之，军中多万钧神弩，所至莫不摧陷。帝自于中流蹙之， 因风水之势，贼舰悉薄西岸，岸上军先备火具焚之，大败。循 还寻阳，遂走豫章，悉力栅左里。丙申，大军次左里，将战， 帝麾之，麾竿折，幡沈于水，衆咸惧，帝笑曰：“昔覆舟之役 亦如此，今胜必矣。”攻其栅，循单舸走，衆皆降。师旋，晋 帝遣侍中黄门劳师于行所。
十月，武帝率领舰队南伐，派刘毅监管太尉留府。这月，徐道覆攻击江陵，荆州刺史刘道轨把他打得大败，徐道覆逃回湓口。十一月，孙处到了番禺，把城攻破，卢循的父亲卢嘏逃奔始兴，孙处安抚当地民众进行守卫。十二月初一，大军驻扎在大雷。初二，贼军沿江而下，武帝亲自拿着军旗和战鼓，命令各路军队奋力拼杀，军中有很多万钧神弓，所到之处无不摧毁。武帝自己在中流皱眉观看，顺着风和水的走势，贼舰全都先靠近西岸，岸上军士事先已经准备好了火把，将他们全部烧毁，杀得大败。卢循回到寻阳，接着便逃往豫章，全力在左里建造栅栏。十八日，大军驻扎在左里，即将开战，武帝挥动令旗，令旗的旗竿折断，旗子沉入水中，众人都很恐惧，武帝笑着说：“过去的覆舟战役也是这样，今日的胜利是必定无疑的了。”猛攻敌军的栅栏，卢循单独乘着一条船逃走，众官兵都投降了。大军凯旋，晋安帝派侍中黄门到营地去进行慰劳。
七年正月己未，振旅而归，改授大将军、扬州牧，给班剑 二十人，本官并如故。固辞。凡南北征伐战亡者，并列上赙赠， 尸丧未反者，遣主帅迎接，致还本土。
义熙七年正月十二日，整顿部队归来，改任他为大将军、扬州牧，赠给他班剑二十人，原来的官职依旧。武帝坚持推辞。凡是南北征讨战死者，全都列出姓名请朝廷赠发钱财治丧，尸体失掉没有返回的，派遣主帅前去迎接，使归还本土。
二月，卢循至番禺，爲孙处所破，收余衆南走。刘藩、孟 怀玉斩徐道覆于始兴。
二月，卢循到了番禺，被孙处击败，收罗剩余兵众向南逃走。刘藩、孟怀玉在始兴将徐道覆杀死。
自晋中兴以来，朝纲弛紊，权门兼并，百姓流离，不得保 其産业。桓玄颇欲厘改，竟不能行。帝既作辅，大示轨则，豪 强肃然，远近禁止。至是，会稽余姚虞亮复藏匿亡命千馀人。 帝诛亮，免会稽内史司马休之。
自从晋朝中兴以来，朝廷的纲纪松弛紊乱，权贵之门互相兼并，老百姓流离失所，不能保持自己的产业。桓玄很想改变这种状况，结果没能实行。武帝做了辅佐大臣以后，大力宣传规章制度，豪强谨慎规矩，远近遵法守纪。到现在，会稽余姚的虞亮又隐藏了逃亡人员一千多人。武帝杀死了虞亮，罢免了会稽内史司马休之。
晋帝又申前诏，帝固辞。于是改授太尉、中书监，乃受命， 奉送黄钺。
晋安帝重申了以前的授官诏令，武帝坚持推辞。于是改授他为太尉、中书监，他才接受了任命，奉送了黄钺。
交州刺史杜惠度斩卢循父子，函七首送都。 先是，诸州郡所遣秀才、孝廉多非其人，帝乃表申明旧例， 策试之。
交州刺史杜惠度杀死了卢循父子，将七个人头用盒子装了送到京城。
荆州刺史刘道规疾患，求归，八年四月，改授豫州刺史， 以豫州刺史刘毅代之。毅既有雄才大志，与帝俱兴复晋室，自 谓京城、广陵功足相抗，虽权事推帝，而心不服也。厚自矜许， 朝士素望者并多归之，与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施并深相 结。及镇江陵，豫州旧府多割以自随，请僧施爲南蛮校尉。帝 知毅终爲异端，心密图之。毅至西，称疾笃，表求从弟兖州刺 史藩以爲副贰，帝僞许焉。九月，藩入朝，帝命收藩及谢混， 并赐死。自表讨毅，又假黄钺，率诸军西征。以前镇军将军司 马休之爲平西将军、荆州刺史，兖州刺史道怜镇丹徒，豫州刺 史诸葛长人监太尉留府事，加太尉司马丹阳尹刘穆之建威将 军，配以实力。壬午，发建邺，遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩 前袭江陵，克之，毅及党与皆伏诛。
在这以前，各州所送的秀才、孝廉大多名不符实，武帝于是上表申明从前的规定，对他们进行策试。
十一月，帝至江陵，分荆州十郡爲湘州，帝仍进督焉。以 西阳太守朱龄石爲益州刺史，使伐蜀。晋帝进帝太傅、扬州牧， 加羽葆、鼓吹，班剑二十人。
荆州刺史刘道轨患病，要求回乡，义熙八年四月，改授豫州刺史，让豫州刺史刘毅去代替他。刘毅一向具有雄才大志，与武帝一起兴复晋朝，自认为京城、广陵的功劳足以互相抗衡，虽然暂且推举武帝，而心中却不服气。他非常自傲自夸，朝士中素有威望者多去归附他，他与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施都结交很深。等他去镇守江陵，豫州旧府的下属许多人都辞职去跟随他，他奏请让郗僧施任南蛮校尉。武帝知道刘毅终究是一个异端人物，心里在秘密算计他。刘毅到了西部，称言病重，上表请求让堂弟兖州刺史刘藩作为副手，武帝假装答应了他。九月，刘藩入朝，武帝命令逮捕刘藩和谢混，一并赐死。自己上表请求讨伐刘毅，又借掌黄钺，率领各路军队西征。任命前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，兖州刺史刘道怜镇守丹徒，豫州刺史诸葛长人监管太尉留府事务，任命太尉司马丹阳尹刘穆之为建威将军，给他配备实际兵力。十五日，从建邺出发，派遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩前往袭击江陵，将城攻破，刘毅及其党羽全部被杀。
九年二月乙丑，帝至自江陵。初，诸葛长人贪淫骄横，帝 每优容之。刘毅既诛，长人谓所亲曰：“昔年醢彭越，今年杀 韩信，祸其至矣。”将谋作乱。帝克期至都，而每淹留不进。 公卿以下，频日奉候于新亭，长人亦骤出。既而帝轻舟密至， 已还东府矣。长人到门，引前，却人闲语，凡平生言所不尽者， 皆与及之，长人甚悦。帝已密命左右丁旿自幔后出，于坐拉焉， 死于床侧。舆尸付廷尉，并诛其弟黎人。旿骁勇有力，时人语 曰，“勿跋扈，付丁旿”。
十一月，武帝到了江陵，分出荆州的十个郡成为湘州，武帝仍旧前往督察。任命西阳太守朱龄石为益州刺史，让他讨伐蜀地，晋安帝晋升武帝为太傅、扬州牧，赠给羽葆、乐队，仪仗二十人。
先是，山湖川泽皆爲豪强所夺，百姓薪采渔钓，皆责税直， 至是禁断之。时人居未一，帝上表定制，于是依界土断，惟徐、 兖、青三州居晋陵者不在断例。诸流寓郡县，多所并省。 以帝领镇西将军、豫州刺史。帝固让太傅、扬州牧及班剑， 奉还黄钺。
九年二月三十日，武帝从江陵到来。起初，诸葛长人贪淫骄横，武帝常常宽容他。刘毅处死以后，诸葛长人对他的亲信说：“从前剁死彭越，今年杀死韩信，灾祸就要到了。”准备阴谋作乱。武帝按时到达都城，却常常停留不进。公卿以下，连日在新亭等候，诸葛长人也忽然出现。随后武帝乘一只轻快小船秘密到达，已经回到了东府。诸葛长人到了府门，被叫到面前，摈退旁人说起闲话，凡是平生所没有说尽的话，都和他说到了，诸葛长人非常高兴。武帝秘密命令身边的武士丁日午从布幔后出来，从座位上把他拉开，杀死在床边。用车子拉着他的尸体交给廷尉，并且处死了他的弟弟诸葛黎人。丁日午骁勇有力，当时的人有谚语说：“勿跋扈，会丁日午。”
七月，朱龄石平蜀，斩谯纵，传首建邺。
以前，山湖川泽都被豪强所夺取，百姓打柴、采摘、打鱼、垂钓，都要强迫交税，到现在一律禁绝。当时人们的居住很不统一，武帝上表制定了条例，于是都依划分的土地为准，只有徐、兖、青三州居住在晋陵的人不在划分的范围。各个流民聚集的郡县，有许多进行了合并。
九月，晋帝以帝平齐、定卢循功，封帝次子义真爲桂阳县 公；并重申前命，授帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二 十人。将吏百僚敦劝，乃受羽葆、鼓吹、班剑，馀固辞。
由武帝兼任镇西将军、豫州刺史。武帝坚持辞去太傅、扬州牧和班剑，归还了黄钺。
十年，息人简役，筑东府城，起府舍。
七月，朱龄石平定了蜀地，斩了谯纵，把他的人头传送到建邺。
帝以荆州刺史司马休之宗室之重，又得江、汉人心，疑其 有异志；而休之子谯王文思在都，招聚轻侠，帝执送休之，令 自爲其所。休之表废文思，并与帝书陈谢。
九月，晋安帝因为武帝平齐国、定卢循的功劳，封武帝的次子刘义真为桂阳县公；并且重申以前的任命，授给武帝太傅、扬州牧的职务，配备葆羽、乐队，仪仗二十人。将吏百官鼓动劝导，才接受了羽葆、乐队、仪仗，其余坚决推辞。
十一年正月，帝收休之子文宝、兄子文祖，并赐死，率衆 西讨。复假黄钺，领荆州刺史。以中军将军道怜监留府事。休 之上表自陈，并罪状帝。休之府录事参军韩延之有干用才，帝 未至江陵，密书招之。延之报书曰：“承亲率戎马，远履西偏， 阖境士庶，莫不惶骇。辱疏，知以谯王前事，良增叹息。司马 平西体国忠贞，款怀待物，以公有匡复之勋，家国蒙赖，推德 委诚，每事询仰。谯王往以微事见劾，犹自表逊位；况以大过 而当默邪！来示云，‘处怀期物，自有由来 ’。今伐人之君， 啖人以利，真可谓‘处怀期物’者矣。刘藩死于阊阖之门，诸 葛毙于左右之手，甘言诧方伯，袭之以轻兵，遂使席上靡款怀 之士，阃外无自信诸侯，以爲得算，良所耻也。吾虽鄙劣，尝 闻道于君子，以平西之至德，宁可无授命之臣乎？假天长丧乱， 九流浑浊，当与臧洪游于地下。不复多云。”帝视书叹息，以 示将佐曰：“事人当如此。”
义熙十年，精简劳役，让人民得到休息，建筑东府城，修建府衙房舍。
三月，军次江陵。初，雍州刺史鲁宗之负力好乱，且虑不 爲帝容，常爲谶曰：“鱼登日，辅帝室。”与休之相结。至是， 率其子竟陵太守轨会于江陵。帝济江，休之衆溃，与轨等奔襄 阳，江陵平。加领南蛮校尉。将拜南蛮，遇四废日，佐史郑鲜 之等白迁日，不许。下书开宽大之恩。 四月，进军襄阳，休之等奔姚兴。晋帝复申前令，授太傅、 扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，加前部羽葆、鼓吹， 置左右长史、司马、从事中郎四人，封第三子义隆爲北彭城县 公。八月甲子，帝至自江陵，奉还黄钺，固辞太傅、州牧、前 部羽葆、鼓吹，其馀受命。
武帝看到荆州刺史司马休之宗室繁盛，又很得长江、汉水一带人心，怀疑他存有异志；而司马休之的儿子司马文思住在京城，招聚轻捷侠客，武帝把他抓住送交给司马休之，让他自己去处理。司马休之上表请求废除司马文思的爵位，并且给武帝写信致谢。
十二年正月，晋帝诏帝依旧辟士，加领平北将军、兖州刺 史，增督南秦，凡二十二州。帝以平北文武寡少，不宜别置， 于是罢平北府，以并大府。三月，加帝中外大都督。
义熙十一年(415)正月，武帝逮捕了司马休之的儿子司马文宝、他哥哥的儿子司马文祖，一并赐命自杀。率领大军西出讨伐。重新借掌黄钺，兼任荆州刺史。派中军将军刘道怜监管留府的事务。司马休之上表自我剖白，并列举武帝罪状。司马休之幕府中的录事参军韩延之有大用之才，武帝还没到江陵，就秘密写信招他。韩延之回信说：“承蒙亲自率领兵马，远赴西部地区，全境内的士子平民，无不惶恐惊骇。蒙您来信，知道是因为谯王以前的事，更增添了叹息。司马平西忠于国家，宽宏待人，因为您有匡复晋朝的功勋，是国家依赖的人物，推赞您的德行，向您敬献诚意，常常进行询问请教。谯王因为一点小事被弹劾，仍然自己上表辞位；何况有了大错会缄默不语么！来信说，‘怀抱虚静，期待贤才，由来已久’。现在攻打别人的君长，而以私利引诱别人，真可以说是‘怀抱虚静，期待贤才’了呀。刘藩死在宫殿门前，诸葛亡于喽罗之手，甜言蜜语使州官们惊诧，突然袭击又开来轻兵，于是使得客席上没有诚心的士人，外地区没有自信的诸侯，自以为是得意算盘，实在是一种耻辱。我虽然粗鄙拙劣，但是却曾经听君子讲过人生道义。以平西将军的高尚品德，难道会没有能够授官的臣子么？借着天下丧乱，九流浑浊，应当与臧洪在地下共同游玩。不再多说。”武帝看信后深深叹息，拿它来给将士们看说：“追随别人就应当是这样。”
初，帝平齐，仍有定关、洛意，遇卢循侵逼，故寝。及荆、 雍平，乃谋外略。会姚兴死，子泓新立，兄弟相杀，关中扰乱。 四月乙丑，帝表伐关、洛，乃戒严北讨，加领征西将军、司豫 二州刺史。以世子爲徐、兖二州刺史。帝欲以义声怀远，奉琅 邪王北伐。五月，庐江霍山崩，获六锺，献之天子。癸巳，加 领北雍州刺史，前后部羽葆、鼓吹，增班剑爲四十人。八月丁 巳，率大衆进发，以世子爲中军将军，监太尉留府事，尚书右 仆射刘穆之爲左仆射，领监军、中军二府军司，入居东府，总 摄内外。九月，帝至彭城，加领北徐州刺史。十月，衆军至洛， 围金墉，降之。修复晋五陵，置守卫。
三月，军队驻扎在江陵。起初，雍州刺史鲁宗之依仗气力喜好乱为，而且顾虑不为武帝所容，常常念叨谶语说：“鱼登日，辅帝室。”与司马休之互相串通。到了现在，率领他的儿子竟陵太守鲁轨会聚在江陵。武帝渡过长江，司马休之的军队溃败，与鲁轨等人逃奔襄阳，江陵平定。武帝兼任南蛮校尉。将授南蛮官衔时，正遇上四废日，下属官员郑鲜之等人建议改换一个日子，武帝没有答应。下令开恩实行宽大政策。
十二月壬申，晋帝加帝位相国、总百揆、扬州牧，封十郡 爲宋公，备九锡之礼，加玺绂、远游冠、绿綟绶，位在诸侯王 上。策曰：
四月，进军襄阳，司马休之等人逃奔姚兴。晋安帝重申先前的命令，授职武帝担任太傅、扬州牧，可以带剑穿履朝见皇帝，入朝不须趋步，赞拜不须报名，加赠前部羽葆、乐队，设置左右长史、司马、从事中郎四人，封第三子刘义隆为北彭城县公。八月十三日，武帝从江陵返回，奉还黄钺，坚决推辞太傅、州牧、前部羽葆、乐队，其余的接受了任命。
朕以寡昧，仰缵洪基，夷羿乘衅，荡覆王室，越在南鄙， 迁于九江。宗祀绝飨，人神无位，提挈群凶，寄命江浦，则我 祖宗之烈，奄坠于地，七百之祚，翦焉既倾，若涉巨海，罔知 攸济。天未绝晋，诞育英辅，振厥弛维，再造区宇，兴亡继绝， 俾昏作明，元勋至德，朕实攸赖。
义熙十二年正月，晋安帝诏令武帝依旧征召士人，兼任平北将军、兖州刺史，加上督率南秦，共二十二州。武帝因为平北府中文武人才缺乏，不适合另外设置，于是撤销了平北府，把它并入大府。三月，任命武帝为中外大都督。
今将授公典策，其敬听朕命：乃者，桓玄肆僭，滔天泯夏， 拔本塞源，颠蹶六位，庶僚俛眉，四方莫恤。公精贯朝日，气 陵虹蜺，奋其灵武，大歼群慝，克复皇邑，奉歆神只。此公之 大节始于勤王者也。授律群后，泝流长骛，薄伐峥嵘，献捷南 郢，大憝折首，群逆毕夷，三光旋采，旧物反正。此又公之功 也。出藩入辅，弘兹保弼，阜财利用，繁殖黎元，编户岁滋， 疆宇日啓，导德明刑，四境有截。此又公之功也。鲜卑负衆， 僭盗三齐，介恃遐阻，仍爲边害，公搜乘秣马，敻入远疆，冲 橹四临，万雉俱溃，拓土三千，申威龙漠。此又公之功也。卢 循祅凶，伺隙五岭，侵覆江、豫，矢及王城，国议迁都之规， 家献徙卜之计，公乘辕南济，义形于色，运奇摅略，英谟不世， 狡寇穷衄，丧旗宵遁，俾我畿甸，拯于将坠。此又公之功也。 追奔逐北，扬旍江濆，偏旅浮海，指日遄至，番禺之功，俘级 万数，左里之捷，鸟散鱼溃，元凶远窜，传首万里。此又公之 功也。刘毅叛换，负衅西夏，陵上罔主，志肆奸暴，公御轨以 刑，消之不日，罪人斯得，荆、衡甯晏。此又公之功也。谯纵 怙乱，寇窃一隅，王化阻阂，三巴沦溺，公指命偏帅，授以良 图，陵波凭湍，致届井络，僭竖伏鑕，梁、岷草偃。此又公之 功也。马休、鲁宗，阻兵内侮，驱率二方，连旗称乱，公投袂 星言，研其上略，江津之师，势踰风电，回旆沔川，实繁震慑， 二叛奔迸，荆、雍来苏。此又公之功也。永嘉不竞，四夷擅华， 五都倾荡，山陵幽辱，祖宗怀没世之愤，遗甿有匪风之思，公 远齐阿衡纳隍之仁，近同小白灭亡之耻，鞠旅陈师，赫然大号， 分命群帅，北徇司、兖，许、郑风靡，巩、洛载清，百年榛秽， 一朝扫涤。此又公之功也。
起初，武帝扫平了齐国入侵，仍然有平定关中、洛阳的意思，遇上卢循侵袭逼迫，所以放下了。等到荆州、雍州平定，于是开始谋划外部策略。正赶上姚兴死去，他的儿子姚泓刚刚继任，兄弟互相杀戮，关中混乱。四月十八日，武帝上表讨伐关中、洛阳，便戒严讨伐北方，命令他兼任征西将军、司豫二州刺史。任命他的世子为徐、兖二州刺史。武帝希望以自己的声望怀柔远方，接受了琅邪王的封号北伐。五月，庐江的霍山崩裂，获得了六口钟，献给了天子。十七日，加职兼任北雍州刺史，前后部羽葆、乐队，增加班剑为四十人。八月十二日，率领大军进发，以世子为中军将军，监管太尉留府事务，尚书右仆射刘穆之为左仆射，兼任监军、中军二府的军司，住进东府，总管内外一切事务。九月，武帝到了彭城，加职兼任北徐州刺史。十月，各军到达洛阳，包围了金墉，迫使他们投降。修复了晋朝皇家的五陵，设置了守卫。
公有康宇内之勋，重之以明德。爰初发迹，则奇谟冠古， 电击强祅，则锋无前对，聿宁东畿，大造黔首。若乃草昧经纶， 化融于岁计，扶危静乱，道固于苞桑。蠲削烦苛，较若画一， 淳风美化，盈塞区宇。是以绝域献琛，遐夷纳赆，王略所宣， 九服率从。虽文命之东渐西被，咎繇之迈于种德，何以尚兹。 朕闻先王之宰世也，庸勋尊贤，建侯胙土，褒以宠章，崇 其徽物，所以协辅皇室，永隆藩屏。故曲阜光啓，遂荒徐宅， 营丘表海，四履有闻。其在襄王，亦赖匡霸，又命晋文，备物 光赐。惟公道冠前烈，勋高振古，而殊典未饰，朕甚懵焉！今 进授相国，以徐州之彭城沛兰陵下邳淮阳山阳广陵、兖州之高 平鲁泰山十郡封公爲宋公，锡兹玄土，苴以白茅，爰定尔居， 用建冢社。昔晋、郑啓藩，入作卿士，周、召保傅，出总二南， 内外之任，公实兼之。今命使持节、兼太尉、尚书左仆射晋宁 县五等男湛授相国印绶，宋公玺绂，使持节、兼司空、散骑常 侍、尚书阳遂乡侯泰授宋公茅土，金虎符第一至第五左，竹使 符第一至第十左。相国位无不总，礼绝朝班，居常之名，宜与 事革。其以相国总百揆，去录尚书之号；上送所假节、侍中貂 蝉、中外都督太傅太尉印绶、豫章公印策；进扬州刺史爲牧， 领征西将军、司豫北徐雍四州刺史如故。
十二月二十九日，晋安帝加任武帝为相国、总百揆、扬州牧，封赏十郡为宋公，具备九锡之礼，赐给玉玺、远游冠、绿绶带，地位在诸侯王之上。
公纪纲礼度，万国是式，乘介蹈方，罔有迁志，是用锡公 大路、戎路各一，玄牡二驷；公抑末敦本，务农重积，采蘩实 殷，稼穑惟阜，是用锡公衮冕之服，赤舄副焉；公闲邪纳正， 移风改俗，陶钧品物，如乐之和，是用锡公轩县之乐、六佾之 舞；公宣美王化，导扬休风，华夷企踵，远人胥萃，是用锡公 朱户以居；公官方任能，网罗幽滞，九臯辞野，髦士盈朝，是 用锡公纳陛以登；公当轴处中，率下以义，式遏寇雠，涤除苛 慝，是用锡公虎贲之士三百人；公明罚恤刑，庶狱详允，放命 干纪，罔有攸纵，是用锡公鈇钺各一；公龙骧凤矫，咫尺八紘， 括囊四海，折冲无外，是用锡公彤弓一、彤矢百，玈弓十、玈 矢千；公温恭孝思，致虔禋祀，忠肃之志，仪刑四方，是用锡 公秬鬯一卣，圭瓒副焉。宋国置丞相以下，一遵旧仪。钦哉， 其祗服往命，茂对天休，简恤庶邦，敬敷显德，以终我高祖之 嘉命！置宋国侍中、黄门侍郎、尚书左丞，即随大使奉迎。 枹罕虏乞伏炽盘遣使谒帝，求效力讨姚泓，拜爲平西将军、